恒丰银行南京分行成立于2006年9月15日。目前辖设无锡分行、南通分行、城北支行、新街口支行、城东支行、江宁支行、宜兴支行等7家分支机构，发起设立扬中恒丰村镇银行。2013年12月，获准筹建南京河西支行、无锡锡山支行，正逐步构建“立足南京、辐射周边”的服务网络。
南京分行开业以来，始终以科学发展观为统领，秉承“一切向前看、一切向效益看”的“两个看”指导思想，坚持“防案件、控风险、调结构、稳发展、育人才、优队伍”的发展思路，以立足江苏、服务江苏、贡献江苏为宗旨，逐步发展成为南京地区最具有活力、最具有潜力、最具有品牌影响力的银行之一，实现了经济效益与社会效益的互动双赢。截至2013年末，资产总额694.98亿元，各项存款余额676.17亿元，各项贷款余额239.74亿元。
南京分行在发展历程中的物质文明、精神文明建设均取得了显著成果，先后荣获“中国银行业文明规范服务千佳示范单位”、“江苏省精神文明建设先进单位”、“江苏省企业文化建设先进单位”、“江苏省用户满意服务单位”、“南京市文明单位”、“南京市诚信服务窗口单位”、“服务南京消费示范单位”、“文明服务价值奖”、“平安金融单位”、“苏商合作最佳银行品牌”等一系列荣誉称号。